Le origini dei Querini coincidono col formarsi primo di Venezia.
Vengono, pare, da Eraclea, o Cittanova, si stabiliscono a Torcello, sono presenti nei primi nuclei che danno vita alla consociazione lagunare; intorno al Millecento li troviamo già vivaci partecipi della vita pubblica veneziana. Insegna di famiglia, lo scudo inquartato d'argento e di rosso, poi abolito avendo alcuni membri della famiglia preso parte, nel 1310, alla congiura di Baiamonte Tiepolo: ragion per cui verranno per sempre esclusi dal dogado. La nuova insegna dei Querini, del ramo di Santa Maria Formosa, è la fascia azzurra in campo d'oro, caricata di tre gigli. Nel 1300 assunsero anche il predicato di Stampalia, derivato da un'isola dell'arcipelago greco (l'antica Astypalea), acquisita da un Zuanne Querini.

Un dato cronologico sicuro intorno al primo formarsi della biblioteca di famiglia non è certo possibile dare.
E' però fuor di dubbio che il dato anagrafico primo va ricercato, come per tutte, o quasi, le antiche biblioteche patrizie, nella raccolta di memorie domestiche, precisamente di quei manoscritti ove ricorreva il nome del casato. Forse sugli scaffali di casa Querini (è solo ipotesi suggestiva) han preso posto tra i primi il Capitolare nauticum, la Promissio contra maleficia, le Favole esopiane, il codicetto con i Privilegi dei veneziani in Siria (secc. XIII-XIV), che, tra i libri tramandati, risultano i più antichi e, fors'anche, le prime auree pietre sulle quali, nel corso del tempo, si articolerà l'attuale biblioteca.
Tra i più appassionati raccoglitori di libri della famiglia sono da ricordare Lauro Querini, umanista filosofo e lettore di Aristotile, a Rialto, nel Quattrocento; Polo Querini, il cardinale Angelo Maria (arcivescovo di Corfù, vescovo di Brescia, fondatore della Biblioteca Queriniana di Brescia, amico e corrispondente degli uomini più in vista del suo tempo, tra i quali Federico II di Prussia e Voltaire) e Andrea Querini, "ragguardevole amatore e protettor delle lettere", come ebbe a chiamarlo il Cesarotti.

Questa la nascita e la storia prima della biblioteca che poi, nello spazio di cento anni, si muoverà con quel senso nuovo della cultura indicatole dal Fondatore, in stretta aderenza coi problemi del suo tempo e che, pur continuando ad accogliere le voci grandi della poesia, non trascurerà il nuovo umanesimo, quello scientifico, consapevole che una biblioteca per dirsi veramente viva deve sempre aver presenti i dati fondamentali del passato, della contemporaneità e del futuro.

I bibliotecari, cui toccò in sorte di reggerla, cercarono di mantenersi il più possibile fedeli allo spirito delle tavole statutarie e alla tradizione dei Querini, famiglia culturalmente e politicamente avanzata e geniale, si direbbe quasi (per usare un termine moderno) sempre in fase contestatoria, e comunque avanzata, nei confronti della cultura accademica e ufficiale. Uno tra i primi bibliotecari, Leonardo Perosa, diede ordine e catalogò il ricco settore dei manoscritti; Arnaldo Segarizzi diede inizio al modernissimo catalogo a schede di tipo internazionale, per autore e per soggetto, in unica serie alfabetica, uno tra i primi se non il primo esempio di real Katalog in Italia; Manlio Dazzi curò appassionatamente lo sviluppo delle varie discipline bibliografiche, con particolare riguardo (era uomo di lettere e fine poeta) a quelle umanistiche. Infine, Giuseppe Mazzariol, il quale, consapevole del particolare carattere di laicità e spregiudicatezza di scelta dei libri da parte dei primi raccoglitori queriniani, cerca di innestarsi nel solco della tradizione, guardando (sono sue parole) " alle necessità dell'oggi, e dell'avvenire, ritenendo che una biblioteca per essere viva debba assolvere prima di tutto ad una funzione di promozione culturale e civica ". Tutti, insomma, i bibliotecari che ressero la Querini Stampalia han dato credito e ascolto, ciascuno entro le possibilità dei propri limiti cronologici, alle esplicite volontà del Testatore, che, con illuminato anticipo sui tempi, stabiliva anche, nel suo testamento, che la biblioteca dovesse rimanere aperta " nei giorni ed ore in cui le biblioteche pubbliche sono chiuse, e la sera specialmente"; volendo anche che nel suo palazzo vi fossero "camere" destinate a "adunanze serali di dotti e scienziati sì nazionali che forestieri".

Sotto la guida preziosa e sagace dei suoi ultimi due Presidenti, Gino Luzzatto e Alessandro Marcello, la Querini Stampalia s'è rinnovata anche nelle strutture edilizie e architettoniche, con imponenti lavori di restauro che han dato alla sede della Fondazione decoro, splendore e funzionalità, pur mantenendo intatti quella sua prerogativa e quel suo eccezionale carattere di biblioteca familiare, quieta ed accogliente, lontana da ogni fredda aulicità.
L'apertura di un'ampia e luminosa sala al pianterreno, e del giardino architettonico (col quale s'è anche instaurato un tipo di lettura en plein air), le han poi concesso, fin dal 1963, di dar corso alle attività promozionali (sostitutive delle "adunanze serali") che si estrinsecano in mostre d’arte e bibliografiche di punta, incontri e dibattiti coi giovani, conferenze e tavole rotonde sui problemi di più scottante attualità, e altro ancora.
La Fondazione Querini Stampalia "non ha l’eguale in Italia", scrissero i giornali quando ebbero a darne la cronaca dell’inaugurazione e dell’apertura al pubblico, avvenute il 2 gennaio 1870.
A noi, che ne facciamo parte, sembra doveroso e più significativo ricordare non la data burocratica, ma quella dello spirito: quel lontano, eppur così vicino, 25 maggio 1869, giorno della morte del conte Giovanni Querini, di cui ricorre quest’anno il primo centenario.