Il fondo cartografico si compone di 7 portolani, 6 carte nautiche, 250 carte geografiche, 97 mappali e 27 atlanti, datati fra il XV e il XIX secolo, oltre a 7 volumi manoscritti riguardanti viaggi o notizie di carattere geografico.

E’ difficile ricostruire la storia dei singoli pezzi per la totale assenza di cenni a questi materiali negli inventari e nei documenti dell’archivio, anche se è ragionevole supporre che il fondo cartografico si sia sviluppato in relazione agli usi pratici e agli interessi culturali della famiglia.

Molti sono stati infatti i Querini "capitani da mar", per cui portolani e carte nautiche erano strumenti di lavoro; non mancano neppure i cultori della scienza geografica, come Silvestro Querini, che cura nel secondo decennio del Seicento un portolano per la Dalmazia e il Levante, o Giovanni Francesco che descrive, verso la fine dello stesso secolo, oltre cinquanta città in particolare d’Inghilterra e d’Olanda.

Da ricordare inoltre Angelo Maria Querini, che, alla fine del Settecento si occupa della complessa questione della regolazione del corso del Brenta.
Una particolare attenzione va riservata ai mappali, testimonianza dei vasti possedimenti terrieri, che oltre ad essere una fonte importante per la storia della famiglia forniscono utili indicazioni agli studiosi di idrografia veneta.

Il fondo cartografico è descritto in Catalogo del fondo cartografico, a cura di Giuseppe Mazzariol, Venezia, Lombroso, 1959 e recensito dallo stesso Mazzariol nella relazione Notizia sul fondo cartografico della Fondazione scientifica Querini Stampalia di Venezia, in: Atti del XVI Congresso geografico italiano : Padova-Venezia 20-25 aprile 1954, Faenza, Lega, 1955