La sezione manoscritti comprende 1043 pezzi dal secolo XIV al XVIII, appartenuti alla famiglia Querini Stampalia, cui sono da aggiungere 134 pezzi in parte ottocenteschi frutto di acquisizioni successive.

Vi coesistono opere letterarie e scientifiche, libri d’ore e cronache, testi filosofici e giuridici, manoscritti musicali e portolani, oltre a materiale di tipo archivistico, frutto della selezione operata fra il 1880 e il 1882 da Leonardo Perosa sull’insieme di carte e volumi appartenuti ai Querini e che non erano ancora stati riordinati.

Perosa suddivise la sezione dei manoscritti in nove classi:

• I: Religione, Teologia, Culto, ecc.
• II: Ius canonico, civile, politico, ecc.
  
• III: Storia, Geografia, Archeologia, ecc.
  
• IV: Storia veneta
  
• V: Scienze naturali ed esatte (Matematica, Astronomia, Fisica, Alchimia, Idraulica, ecc.)
  
• VI: Poesia, Letteratura, Bibliografia, ecc.
  
• VII: Eloquenza, Epistole, Grammatica
  
• VIII: Arti varie (Musica, Pittura, Architettura, Arti manuali, ecc.)
  
• IX: Miscellanee
  

Lo stesso Perosa descrisse il suo lavoro nella relazione I codici manoscritti della Biblioteca Querini-Stampalia, Venezia, M. Visentini, 1883, in cui fra l’altro si dà conto dei manoscritti più interessanti e pregevoli.

Il suo Catalogo dei codici manoscritti (1883), completato da un Repertorio delle persone, dei luoghi e delle cose più notevoli contenute nei codici mss. (1884), è tuttora in uso.

Heures a l'usage de Rome
Cl. I, 7 (=1447)
Pergamena; 1516

Edizione parzialmente a stampa,
legatura in piena pergamena rigida,
incisioni colorate, iniziali miniate e colorate.
Almanacco per gli anni 1516-1537

Dal 2003 la Fondazione partecipa al "Progetto di catalogazione dei manoscritti delle Biblioteche venete" promosso e finanziato dalla Regione del Veneto. Informazioni e catalogo: www.nuovabibliotecamanoscritta.it