Oltrepassato il ponte, si accede alla Fondazione attraverso una bussola di cristallo.
Discendendo un paio di gradini si entra nell’atrio, dove il pavimento è costituito da un mosaico di tessere di marmo rosso rosato, rosso cupo, bianco e verde, collocate con apparente disordine.

Il soffitto è in stucco rosso, mentre alle murature vengono anteposti pannelli intonacati con calce rasata.
La forte scansione geometrica dell’insieme si pone come fondo rispetto al quale risalta il busto di Giovanni Querini che viene qui collocato su piedistallo.

La scala che sale alla biblioteca al primo piano viene rivestita da Scarpa con nuove pedate sovrapposte alle vecchie in pietra d’istria, in modo però che il rivestimento non ricopra l’intera pedata ma ne lasci scoperte le estremità e con lastre che rivestono le alzate costituite da due elementi, che non si congiungono al centro: una fessura rettangolare lascia intravedere il vecchio gradino in pietra.
L’intervento viene quindi fatto in modo che sia distinguibile dalla preesistenza e che sia apprezzabile il rapporto di interpretazione ma anche di modificazione dell’esistente.
Le pareti del vano scala sono ricoperte da pannelli stuccati che seguono un andamento a gradoni che differisce da quello della scala.
Lo spazio fra pannelli e gradini è costituito da calcestruzzo lavato, con inerti a vista. Ancora una volta Scarpa rende distinto l’intervento rispetto all’esistente.
I serramenti delle finestre del vano scala sono in composti in legno, ferro e ottone.

Salita la scala vi è la porta di accesso al piano superiore. Sopra la porta sul pannello di rivestimento del soffitto, si può riscontrare il motivo dei due cerchi intrecciati, con una lampada al centro (l’ingresso è stato recentemente modificato per motivi di sicurezza).
Dall’atrio ha anche origine un percorso che si svolge parallelamente al canale, intersecando lo spazio dell’antico portego del palazzo, e conduce alla parte espositiva del piano terra.