La strada percorsa dall’acqua nella sua invasione viene cioè disegnata, usata come mutevole materiale del progetto, così come gli effetti di luce e i riflessi che genera.

La volontà di utilizzare l’acqua come elemento fondamentale del progetto di risistemazione della Fondazione è evidente dalla risposta di Scarpa alle richieste di Mazzariol riguardo la necessità di isolare il palazzo dall’alta marea: "dentro, dentro l’acqua alta; dentro come in tutta la città.
Solo si tratta di contenerla, di governarla, di usarla come un materiale luminoso e riflettente: vedrai i giochi di luce sugli stucchi gialli e viola dei soffitti.
Una meraviglia!" (riportato da Giorgio Busetto, Carlo Scarpa alla Querini Stampalia: ieri oggi domani; in Marta Mazza, a cura di, "Carlo Scarpa alla Querini Stampalia. Disegni inediti", Venezia, il Cardo editore, 1996, pp. 14-15).
Ed effettivamente la luce riflessa dalla superficie dell’acqua si propaga con vibrazioni sul soffitto in stucco del percorso, soffitto che continua nell’aula Gino Luzzatto.
Quest’aula, annunciata nel percorso da una iscrizione disegnata da Scarpa, viene ottenuta dall’antico portego del palazzo isolando uno spazio con due vetrate, una verso la porta d’acqua e una verso il giardino.
In questo modo la caratteristica originaria di questo spazio, quella cioè di essere "passante", di collegare acqua e terra – canale e giardino – viene rispettata anche se portata a generare uno spazio completamente diverso.
L’eco della vibrazione di acqua e luce viene ripresa dalle geometrie del pavimento della sala, in lastre di calcestruzzo lavato e corsi di pietra.
Questo pavimento sale sulla parete formando un’alta zoccolatura oltre alla quale si trovano due fasce di travertino separate da una rotaia di ottone ad altezza dell’occhio, predisposta per le esposizioni temporanee.
Scarpa ha predisposto per la sala un doppio sistema di illuminazione: fra le lastre di travertino sono collocate lampade verticali poste dietro a vetri acidati, che riprendono le fasce di pietra d’istria del pavimento.
Per le esposizioni temporanee invece vi erano punti luce (attualmente questo sistema di illuminazione è stato sostituito da faretti orientabili).

Sulla destra, attraverso una porta in travertino, si accede alla saletta originariamente riservata ai conferenzieri.
Gli spazi descritti, e il percorso che li unisce, sono costellati di elementi preziosi, come l’involucro che accoglie i due termosifoni dell’aula, scultura in pietra d’istria decorata con bande in oro zecchino, ed il pannello del quadro elettrico nell’atrio, formato da due quadrati di ottone intersecati, o come le vasche in pietra, o la lampada posta a pavimento, senza tralasciare l’elaborato disegno dei cancelli delle porte d’acqua.

Il fondo della sala è costituito da una vetrata di separazione dal giardino che ha struttura autonoma rispetto alle colonne presenti, distinguendo in questo modo non solo vecchio e nuovo, ma anche ciò che ha funzione strutturale da ciò che costituisce un diaframma.
Esterno e interno si confondono, si compenetrano: l’acqua lambisce gli spazi interni, il portego prosegue all’esterno, nel giardino, creando una forte unità spaziale.